小RNA（Small RNA，sRNA）主要是一大类功能各异的调控分子，主要包括：miRNA，ncRNA，siRNA，snoRNA，piRNA，rasiRNA(重复相关siRNA，repear-associated siRNA)等，它们分别在转录水平、转录后水平及表观遗传水平等方面控制基因的表达，通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，广泛参与调控生物体的生长发育和疾病发生。
借助于第二代测序技术，为小分子RNA功能研究提供有力工具，可以在没有生物体基因组参考序列信息的前提下，一次性获得数百万条小分子RNA序列，从而快速全面检测小分子RNA，用于新的小分子RNA发现，或小分子RNA表达谱研究。基于Illumina高通量测序技术的小RNA数字化分析，采用边合成边测序(sequencing by synthesis，SBS)，具有所需样品量少，高通量，高精确性，拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点。
实验流程|
技术优势|
样品要求|
数据分析|
参考文献|
- 高度开放性：无需预先了解序列信息和二级结构，即可研究任一物种已知的小RNA分子和预测新的小RNA分子。
- 高度灵活性：可研究任一17～35nt之间小RNA分子。
- 高度精确性：可精确到单核苷酸水平，非常有利于区分高度同源的小RNA分子和鉴定小RNA的多态性。
- 检测动力学范围广：可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析，有利于低丰度小RNA差异表达的研究。
- 保持链特异性信息：保留了小RNA的原始链定位信息，有利于研究小RNA的表达调控机理。
- 数据质量高：深度测序保证了抽样随机性，可靠性和重复性高，与实时定量PCR结果具有较高的一致性。
- 样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
- 样品量：细胞样品请提供至少5×106个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供30μg以上的总RNA。
- 样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8～2.2之间，浓度 ≥ 500ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。
- 样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
- 样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
- 去除低质量、污染、接头的序列（reads）统计，包括reads长度、reads数量、reads碱基偏好、数据产量等统计分析。
- 已知small RNA注释：miRNA, siRNA, piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等
- 降解片段鉴定：mRNA, exon, intron等
- 新miRNA预测
- miRNA同源性结构分析
- miRNA表达谱聚类分析
- miRNA差异表达分析
- miRNA靶基因预测
- miRNA靶基因功能注释、pathway和Gene Onlotogy显著性富集分析
- Landgraf P, Rusu M, Sheridan R, et al. A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing. Cell, 2007; 129: 1401-1414.
- Chen X, Ba Y, Ma LJ, et al. Characterization of microRNAs in serum: a novel class of biomarkers for diagnosis of cancer and other diseases. Cell Res, 2008; 18: 997-1006.
- Morin RD, O'Connor MD, Griffith M, et al. Application of massively parallel sequencing to microRNA profiling and discovery in human embryonic stem cells. Genome Res, 2008; 18: 610-621.
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